ImageJ高效分析血管网络

血管形成实验（Tube formation assay）是体外研究血管生成的经典方法，其优点是可快速确定参与血管生成的基因或通路。

打开Angiogenesis Analyzer宏，其分析界面如下：

分析步骤

1. ImageJ软件File -> Open打开示例图片：

2. 点击Network analysis分析界面，Angiogenesis Analyzer插件可以分析小管形成明场图片（Phase Contrast）或荧光图片（Fluo）：

稍等片刻快速得到分析结果：

3. File -> Save as…即可保存结果到Excel表格：

血管形成实验量化指标有number of tubes; number of loops/meshes; number of branch sites/nodes; length of tubes等，SCI论文中常用的分析指标是branch points与capillary length。

扩展

1、VesselJ插件分析血管密度

VesselJ是一种基于动态阈值算法的新型ImageJ插件，用于分析血管网络的优点是排除了人为选择阈值带来的误差，还可以同时自动处理多个图像。安装方法：插件放置Plugins文件夹下，重启ImageJ软件即可。Plugins -> VesselJ处可见。

步骤：

（1）File -> Open打开PECAM1染色（Red）血管，Plugins -> VesselJ，选择CD31-red，点击OK弹出提示框只能仅打开需要分析的图片：

提示框点击OK后弹出Selection required，矩形选框选择荧光图片背景，点击OK：

分析完成，得到分析结果：

结果解读：总面积（Total_pixels）是78608，非血管的面积（Not_NV）是42150，血管的面积（NV）是36458，血管占总面积的比例是0.464，即血管密度为46.4%。

（2）批量分析血管密度

ImageJ软件File -> Open打开多张血管图片，分析步骤与分析单张图片大体相同，不同的是需要在多张图片上矩形选框选择荧光图片背景，即可快速得到结果。

2、ImageJ Ridge Detection插件分析网络结构

下载ij_ridge_detect-1.4.0.jar插件后将文件置于plugins文件夹下，重启软件即可。具体使用方法再往期已经分享过，

AngioTool是一款能够进行全面血管网络分析的实用免费工具。

AngioTool可以得到的诸多结果及解释：

今天给大家分享高效使用ImageJ分析图片就到此为止了，感兴趣的同学可以动手试试，希望对大家有所帮助！

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