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引物别乱溶!新手极易忽略的引物处理要点
时间:2026-08-31 08:50:29点击量:1次



可以用于溶解引物的溶剂有很多种,各有哪些优缺点?

如何选择呢?


01

现代科研基本离不开分子实验,分子实验又基本离不开PCR,PCR肯定离不开引物了。

大多数科研机构的引物都不是自己合成的,而是跟生物公司买。引物很便宜,且时效很快,基本上本地公司的话,当天预定,1~2日即可送达。

购买引物之前,我们需要明确我们需要的引物序列,一般首选已发表的高质量论文内记载的引物,但不是所有引物都有文献支持,且有时候文献内提供的引物序列,我们买来以后,实践发现并没有达到我们满意的效果,因此需要自己设计序列,或者提供目的基因名称让生物公司帮忙设计。

02

为了避免文章大杂烩,今天就只讨论收到引物的处理问题。

引物一般以冻干粉的形式发货,也有一些公司提供配好的引物溶液发货,但大多数是冻干粉的形式,这里主要讲解冻干粉引物。

至于引物为何冻干粉形式发货居多,主要是冻干粉的引物比较稳定,易于运输和保管,且可以根据实验者对溶解引物的载体、浓度需求不同,进行自定义。

冻干的引物很轻,且量很少,收到货的时候不认真看都看不到这EP管里是有东西的。


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收到的引物瓶身标签里,一般会包含这些信息:

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A:发货区域代码;B:生产日期; C:纳摩尔量;D:修饰名称;E:100 μM储存液加液稀释量;F:批号;G:Tm值;H:OD量;I:订单序号(孔位盒号);J:引物名称(客户自定义名);K:订单编号。


03

一般来说,引物的储存液(母液),浓度为100μM(μM就是μmol/L的意思,M=mol/L,1μM=1pmol/μL),工作液浓度一般是10μM。

实际上,引物在不同的浓度范围内都是比较稳定的,配制的浓度可以根据自己的实验要求自行决定,但总体上浓度不要低于1μM、不要高于10μM。相比于pcr里面其他的限制因素,比如模板质量,引物质量,退火温度,延伸时间等等,引物浓度其实是相对比较宽松的一个变量的。


但为了确保自己实验的可重复性,当确认了一个浓度以后,就建议一直用这个浓度来做实验,一般10μM是比较通用的,不会有太大问题。

由于不同的引物序列不同,因此引物“出厂”的质量并不相等,可以根据引物的OD值和分子量来计算需要加入多少液体才达到100μM的浓度,但没必要学这个,一般公司都会直接给算好,在标签处标明需要加入多少液体溶解以达到100μM的浓度。


04

收到引物确认好信息以后,如果不着急使用,可以先以冻干粉的“出厂形式”储存在-20℃,一般可以储存2~3年不会有太大问题。而溶解成100μM的引物,至少可以在-20℃放6个月。


正因为冻干引物很轻很少,因此收到货的时候可能有的引物在内盖上、在侧壁等,所以溶解引物的第一步是离心。

第一步:离心。引物比较轻,因此要求转速稍稍高一点点,4000转,1分钟即可。

第二步:溶解。加入适量的引物溶剂(具体加入多少量,引物标签会注明加入多少液体可以溶至100μM)。

至于选择什么溶液溶解引物,是不是一定要溶解成100μM,我在后面会展开谈谈个人看法。

第三步:充分涡旋、混匀。只用枪头吸吹不推荐,加液体的时候不需要吸吹,只需要加好液体--盖上盖子--涡旋。

第四步:分装、储存备用。为了避免引物反复冻融,因此建议适量分装,然后-20℃冻存起来。

经常使用的引物,在4℃也可以放1个月左右而不明显影响质量。

如意外将溶解好的引物放在常温实验台过了好多天,虽此时引物有降解,但对于大多数常规 PCR 扩增实验并没有太大影响,可以通过小量预实验先验证一下引物的功能。


05

最后,展开谈两个点:(一)引物浓度的选择;(二)引物溶剂的选择。


(一)引物浓度的选择:如前所述,引物推荐储存液浓度为100μM,分装于-20℃冻存,主要是因为高浓度引物可以减少引物降解。

推荐的工作液浓度为10μM,一般可以在1~10μM之间没有太大问题。

但我并不是这样做的,我嫌这太费劲了。

因此我都是直接配置成10μM的溶液,分装储存,用的时候直接使用即可,不需要再稀释。

理由是本身-20℃下引物降解速度慢,且上文也说过,引物浓度是比较宽容的,因此即使10μM适当降解一些,对于PCR实验也几乎不会影响,而且我一般一个基因一次只溶解一对引物,剩下的引物仍然以冻干粉的形式冻存,使用也比较频繁,并没有因此发现问题。

也有人储存液浓度为20μM,这样兼顾了存储需要较高浓度的需求(起码20μM比10μM浓度提高了一倍),然后使用的时候只需要和无菌无酶水1:1稀释即可变成工作液浓度为10μM。这样也不需要额外动脑思考,反正就记住等体积添加水即可。这种方法比较推荐,相当于上述两种方法的兼顾。


(二)引物溶剂的选择:溶解引物的溶剂,常用的一般有三种:TE Buffer;②无菌无酶水;③DEPC 水

①TE缓冲液是Tris +EDTA缓冲液,这种缓冲液我们一般用作溶解剂或保持剂,主要是调控pH,TE组成浓度:10mM Tris-HCl 1mM EDTA PH=8.0,弱碱性对基因碱基具有保护性,且自带pH缓冲能力,pH值较稳定,也市面上也有成品的TE Buffer售卖。

很多引物公司会推荐使用TE缓冲液作为溶剂,原因是TE对引物具有保护作用,弱碱性可以保护引物免受降解,这对引物本身、公司产品质量有益。但TE缓冲液中的EDTA可以螯合金属离子,特别是Mg2+,对后续PCR扩增不好(扩增对金属离子有要求)。


②无菌无酶水,顾名思义,无细菌且无核酶。有的实验室直接用高压过的ddH2O替代,我们是直接买现成的,也很便宜,也有人直接用临床注射灭菌水也是ok的。但是水的pH一般在7左右,且没有缓冲能力,事实上水溶解引物以后过段时间去测pH,经常会低于7,对引物保护作用较差。


③DEPC(焦碳酸二乙酯)能够与RNase的活性基团进行反应从而抑制其活性,用来防止RNA降解。而常规的引物属于单链DNA,因此是没有必要用到DEPC的,并且DEPC在高温高压处理时能够降解产生CO2,降低水的pH值,对DNA的保存是不利的,所以不推荐使用 DEPC 水溶解引物


06

综合上述液体优缺点,再结合上文 “引物浓度的选择” 内容,推荐引物采用“稍高浓度保存+稀释至10μM使用”的模式。

这样就可以使用TE缓冲液溶解引物储存,保护引物避免或减少降解。实验过程中再使用无菌无酶水(或高压过的ddH2O)稀释。

这样可以降低TE缓冲液里的EDTA浓度,避免其对镁离子的螯合影响PCR扩增,又可以避免只用水溶解引物,水pH值不稳定导致引物降解的弊端。


07

总结:

①收到引物以后,需要按以下步骤处理:4000转左右离心1分钟→参考给定的液体量溶解至储存浓度→涡旋→分装储存。

②溶解引物的液体和浓度,结合工作便利性、引物保存能力、PCR扩增能力等因素,推荐:使用TE缓冲液溶解引物至20μM,-20℃冻存。使用的时候,再用无菌无酶水等比例稀释至10μM工作液。


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