每当拿到一个质粒图谱,第一反应就是一脸懵，这是什么玩意？这些ori、RBS、tet是什么鬼？这些箭头代表什么，转录的方向吗？为什么都不相同，不会“撞车”么？这玩意究竟怎么看啊？

看懂质粒图谱的4个要点

1. 复制起点，它控制着质粒的复制，并决定了质粒的宿主和拷贝数。

2. 筛选标记，了解筛选标记类型，方便后续确定筛选重组质粒载体的方法。

3. 多克隆位点，既外源基因的插入位点。

4. 其他元件，如转录调控元件、翻译表达元件和蛋白标签等。

质粒的主要构成元件

1 复制起始位点Ori

即控制复制起始的位点。Ori的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向(正向)。

图谱上只有一个ori，表示质粒是原核克隆及表达质粒， 图谱上有两个ori，则表示该质粒是穿梭质粒，既可以在原核也可以在真核中复制。

2 抗生素抗性基因

图谱中的AmpR、KanaR等表示质粒载体中的筛选标签，多为抗生素抗性基因，方便后续通过抗生素筛选阳性克隆。特点是单词最后会以大写R或上标r结束。

只在一种宿主中复制的质粒仅具有一种抗性筛选标记，如原核克隆载体和原核表达载体；能够在两种类型宿主中复制和表达的载体会具有两种筛选标记，如穿梭质粒。

可以便于加以检测

• Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。

• tetr ：可以阻止四环素进入细胞。

• camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。

• neor(kanr)：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418(卡那霉素衍生物)失活。

• hygr：使潮霉素β失活。

3 多克隆位点

图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。

图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间。

4 其他元件

质粒载体中除复制起始位点、筛选标记、多克隆位点外，还具有其他一些表达或调控元件，如转录调控元件、翻译调控元件和融合表达标签蛋白等。

P/E：启动子/增强子,Terms：终止信号；加poly(A)信号：可以起到稳定mRNA的作用等等。

解读质粒图谱

知道了这些基础知识，再回过头看看如何阅读质粒图谱：

1 看箭头方向

一般质粒都会有箭头，箭头有两种解释：一种是转录方向，转录方向主要是由启动子开始的一个箭头，是启动子启动序列的顺序。另一种是复制起始位点的方向，复制起始位点就是该质粒在大肠杆菌等细菌或真菌中DNA复制的一个方向。

2 看各种标签

① ori:DNA复制起始位点，一般在大肠杆菌中是pUC类的，还有一种F1启动子(图上的f1ori)代表的是噬菌体的复制起始方向，只能复制出单链的DNA，可以用来测序。

②P:一般是代表启动子，这个质粒上用的是一个CMV启动子，来启动后面的表达蛋白。常见的启动子有：CMV、EF1(启动长片段)，H1、U6(启动短片段，比如shRNA)。

③抗性基因:最常见的是：Amp(氨苄青霉)、Tet(四环素)、Cmr(氯霉素)、SM(链霉素)、Hyg(潮霉素)。

④pA：转录终止位点。

⑤ 报告基因：通常会有一两个蛋白，被用作报告基因。比如常见的copGFP(绿色荧光蛋白)，Puro(嘌呤霉素)，Lacz(乳糖操纵子)等等。和抗性基因不同，报告基因是为了显示过表达或是敲减的基因是否正常运作。有的报告基因会融合在蛋白中表达，有的会另外用一个独立的启动子进表达(比如shRNA的质粒中)。

3 看MCS(多克隆位点)

多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切/连接的方式将外源DNA插入质粒。

4 看外源DNA片段

质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。

5 是否含有表达系统元件

即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。

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